Beim Heilprinzip Säuberung geht es um die Darmreinigung. Durch die Detox Diät wird eine optimale Ausgangssituation für eine Entgiftung des Darms geschaffen. Zur Säuberung wird Bittersalz oder als sanftere Form Passage-Salz angewandt. Dadurch wird der Gallenfluss aktiviert und die Bewegungen des Darms gefördert, so dass klebrige Kotreste ausgeschwemmt werden. Befreit von diesen Schlacken, kann sich die Darmflora regenerieren und wiederaufbauen. Zusätzlich werden drei bis vier Liter stilles Wasser, Tee oder Gemüsebrühe getrunken, um die Abfallprodukte besser ausscheiden zu können und die Nieren zu säubern. Außerdem fördern Leberwickel, Trockenbürsten und Wasseranwendungen die Entschlackung und Reinigung der Haut. Auch Atmen hilft dem Detox. Dadurch werden die Lunge und der gesamte Körper gereinigt. Dies wird beispielsweise mit zügigem Gehen erreicht.

Das zweite Prinzip der Mayr Kur gilt der Schonung. In der Diätetik wird dabei auf Schonkost gesetzt, die den Darm entlastet (auch durch Meiden belastender Nahrung, wie Alkohol und Zucker). Traditionell wird hier die Milch-Semmel-Kur eingesetzt. Wie bereits erläutert, gibt es in der modernen Mayr Kur aber einige Abweichungen. Das Prinzip der Schonung wird auch als Entlastungstage zur Vorbereitung auf die Mayr Kur angewandt. Dabei wird die Aufnahme von Nahrungsmitteln generell reduziert und bereits eine gewisse Anzahl an Tagen vor der Kur auf belastende Nahrung verzichtet. 
Neben der Schonung des Darms sollten der Geist und die Seele durch ausreichend Entspannung und Schlaf enlastet werden. Zudem hilft moderate Bewegung, Stress abzubauen und die Verdauung anzuregen.
Mithilfe von Basenpulver wird der Organismus geschont, da er bei Diäten aufgrund der vermehrten Abbauprodukte zur Säuerung neigt.

Das dritte Heilprinzip der Mayr Kur ist die Schulung. Während einer FX Mayr Kur wird im Kurhaus ein gesunder Lebensstil und eine ausgewogene Ernährung gelehrt. Allgemeine und individuelle Gesundheitsfragen werden dabei geklärt. Dadurch sollen die Kur Patienten neue Gewohnheiten in ihren Alltag integrieren und die Wichtigkeit von gesunden Lebensmitteln mit optimaler Zubereitung erkennen. Die individuelle Ernährung wird während des Kuraufenthalts analysiert und gesunde Gewohnheiten aufgezeigt, die nach Durchführung der Mayr Kur in den Alltag integriert werden können. Geschult wird außerdem das bewusste Essen und das richtige Kauen: Diese sollte so lange erfolgen (40 bis 50mal), bis die Nahrung vollständig zerlegt und flüssig ist. Dadurch können Nährstoffe schon im Dünndarm aufgenommen und die Entstehung von Schlacken entgegengewirkt werden.

Ergänzt werden die drei traditionellen Heilprinzipien des Naturheilverfahrens nach FX Mayr heutzutage oftmals mit dem Prinzip der Substitution. Zu Zeiten Mayrs waren Nährstoffmängel selten ein Problem, wodurch Nahrungsergänzungsmittel nicht vorgesehen waren. Heute unterstützen die zusätzlichen Vitamine, Spurenelemente und Mineralstoffe die Entsäuerung des Organismus. Zur Substitution werden oftmals natürliche Kräuterextrakte verwendet. Die Substitution kann außerdem Verdauungsstörungen entgegenwirken, die während der Mayr Kur zustande kommen können. Da die Diät sehr ballaststoffarm ist, kann es zu Blähungen und Durchfall kommen. Auch wird teils Basenpulver eingesetzt, da der Körper bei solch speziellen Diätformen übersäuern kann.

Auch das Heilprinzip Sport findet bei modernen Auffassungen der Fastenkur immer häufiger Anklang. Die moderaten Bewegungseinheiten fördern die Verdauung und unterstützen die Beförderung der Schlacken mit dem Blut. Zudem hilft Sport, Stress abzubauen, was zum Therapieerfolg beiträgt. Wichtig ist auch, dass die regelmäßige und moderate Bewegung nach der Kur in den Alltag integriert wird. Bestenfalls wird die Bewegung langsam aufgebaut und der Körper nicht überfordert. Während des Kur Aufenthaltes wird dem Patienten anhand von Kursen und Coachings dieses Prinzip nähergebracht, so dass er im Alltag nach der Mayr Kur damit selbstständig fortfahren kann.

Im Rahmen von Arzt- und Therapeutengesprächen kann auch die Selbstfindung eine wichtige Rolle während des Detox spielen. Dieses Heilprinzip der Mayr Kur hilft, seelische Probleme zu lösen und Stress abzubauen.